納米系統製造實驗中心(清水灣)有四個獨立的實驗室，包括納米系統製造實驗中心(清水灣)第二期、納米系統製造實驗中心(清水灣) - 企業中心、硅通孔工藝實驗室以及深硅刻蝕工藝中心。各實驗室為不同工藝提供一系列設備。
